Ve snaze rozšířit možnosti studia pro české žáky a nabídnout zájemcům francouzsko-český vzdělávací program otevřelo Francouzské lyceum v Praze v září 2000 svou bilingvní sekci.
Je určena česky hovořícím dětem ve věku 9-10 let, dětem, které mají chuť a vůli pustit se do studia francouzštiny jako vyučovacího jazyka (10 hodin týdně v 5.ročníku, 8 hodin týdně v 6.ročníku).

Přijetí je možné na základě vstupního testu z různých oborů. Žáci píší test v českém jazyce. K tomuto testu lze připustit pouze ty žáky, kteří nikdy nestudovali na LFP. Po vyhodnocení testu je sestaven seznam úspěšných žáků, kteří jsou vyzváni, aby se řádně zapsali do školní docházky.

Bilingvní sekce je připravuje na přestup do francouzského vzdělávacího systému, aniž by je však izolovala od jejich mateřského jazyka a národní kultury. Bilingvní program trvá dva roky, poté (od 7.ročníku - tj. od třídy 5ème na stupni Collège) jsou děti integrovány do francouzských tříd.

Francouzské lyceum v Praze organizuje každoročně dva dny otevřených dveří, určené zejména českým rodičům, kteří uvažují o přestupu svého dítěte na bilingvní sekci.